Komplettsysteme von Acer, Apple, Dell, HP, Lenovo oder anderen großen Herstellern verwenden oftmals Mainboards, die leicht von den Spezifikationen abweichen, die von Intel und AMD veröffentlicht werden. Diese Abweichungen sind üblicherweise gering, können aber dennoch Inkompatibilitäten mit Kühlern verursachen, die nach diesen Spezifikationen entwickelt wurden.

Selbst wenn der Kühler mechanisch kompatibel ist und installiert werden kann, kann es mit derartigen Systemen weitere Probleme geben, wie z.B. proprietäre Lüfteranschlüsse, Fehlermeldungen wegen zu geringer Lüfterdrehzahlen, Herunterfahren des Systems etc. Einige dieser Probleme lassen sich zwar mit etwas technischem Verständnis lösen, insbesondere vom BIOS verursachte Probleme können aber oftmals nicht beseitigt werden.

Aufgrund der großen Zahl möglicher Probleme, die nicht einfach durch angepasste Montageteile gelöst werden können, werden Komplettsysteme von großen Marken wie Acer, Apple, Dell, HP oder Lenovo durch Noctua nicht offiziell unterstützt.